Según se ha demostrado a través de las antiguas ruinas romanas descubiertas en el Cerro de la Botinera, Algodonales es de origen romano. Asimismo, en las cuevas Santa, Chamusquina y de Castillejo se han encontrado indicios de vida humana durante el periodo Neolítico.
En la Edad Media la localidad fue un refugio monacal e independiente de la vecina Zahara. Posteriormente, en el siglo XIX la villa resistió una invasión del ejército francés de Napoleón. Tal heroicidad hizo que Algodonales adquiriera la condición de municipio en 1817.
