Puerto Serrano fue un puerto romano hacia el año 200 a. de C. Al parece, el nombre de la localidad en aquel momento era Marciago. Después los árabes la invadieron ente los siglos VII y VIII d. de C. y la llamaron Gailir. Formó parte de Morón, una de las 21 provincias de la región original de Al-Alandalus que estuvo dominada por los árabes, quienes cultivaron extensos huertos de olivos que producían un aceite de muy buena calidad.
La villa actual de Puerto Serrano se fundó en el año 1615, cuando los agricultores de Morón obtuvieron el permiso del municipio para labrar la tierra y levantar un nuevo asentamiento. En 1805 pasó a estar dentro de la jurisdicción de Morón y en 1835 recibió plena autonomía.
