La región de San Fernando reúne numerosas reliquias y vestigios de antiguas civilizaciones que datan del Paleolítico y de comienzos de la Edad del Bronce. Otros pobladores posteriores fueron los fenicios, los cartaginenses, los romanos, los visigodos y los árabes.
Después de que el monarca cristiano Alfonso X expulsara a los árabes, San Fernando se independizó de Cádiz. Bajo el mandato de la familia Ponce de León, la Casa de Arcos, la villa era conocida con el nombre de Isla de León. En el siglo XV el rey Juan II transfirió el gobierno de la misma a la familia Zuazo, quien luego lo perdió en el siglo XVI. San Fernando volvió a pertenecer a la familia Ponce de León y se convirtió en un importante emplazamiento militar y estratégico. De hecho, se llevaron a cabo importantes proyectos militares como, por ejemplo, el Arsenal de la Carraca. También se fundaron el pueblo de San Carlos y el Observatorio Astronómico de la Marina en el siglo XVIII.
En 1813, tras la Guerra de la Independencia, Isla León pasó a llamarse San Fernando, en honor al rey Fernando VII.
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