La región que rodea San Roque cuenta con vestigios de diferentes civilizaciones que pasaron por allí; la más importante fue la de los romanos. Estos la bautizaron como Carteia y posteriormente la tomaron los visigodos y después los árabes. De hecho, la ocupación árabe de la zona duró hasta 1492, año en el que los Reyes Católicos expulsaron a los árabes. San Roque pasó a ser una ciudad bajo el amparo de la Casa de Medina Sidonia.
El San Roque que se conoce hoy en día fue fundado oficialmente en 1706 por los habitantes originales de Gibraltar, que fue sitiado por la armada anglo-holandesa el 1 de agosto de 1704. Tras la rendición de sus habitantes, a estos se les permitió permanecer en la villa con algunas condiciones. A pesar de todo, muchos huyeron por miedo a las repercusiones que podía tener la ocupación anglo-holandesa.
Aquellos que escaparon de Gibraltar acamparon cerca de la Capilla de San Roque y en 1706 su pequeño asentamiento se transformó en una villa. El ayuntamiento de Gibraltar, el estandarte y todos sus archivos se trasladaron allí, de manera que San Roque se convirtió en el Gibraltar español. El lema actual de San Roque es “Ciudad de Gibraltar en San Roque”.
