Torre Alháquime fue fundada oficialmente entre los siglos VII y VIII, durante la ocupación árabe de la zona. Se construyó un castillo nazarí y la región fue fortificada dejando la ciudad rodeada.
El nombre de “Torre Alháquime” es una mezcla de español y árabe: “torre” y “al-haquime”, que significa sabio o erudito.
La ciudad fue tomada por tropas cristianas en 1327, pero volvió a manos de los árabes en 1333 y estuvo bajo su control hasta comienzos del siglo XV. Posteriormente, la familia Ribera adquirió el poder de las tierras. En 1485 el marqués de Cádiz conquistó la villa, aunque la familia Ribera la volvió a recuperar. Los enfrentamientos siguieron y la ciudad cambió de dueños continuamente; a partir de los Ribera, perteneció al ducado de Alcalá de los Gazules, y después a la Casa de Medinaceli.
Durante la Guerra de la Independencia los franceses ocuparon Torre Alháquime desde 1810 a 1812.
Los conflictos por la tierra se convirtieron en algo habitual y en un problema para la mayoría de las ciudades españolas hasta comienzos del siglo XX.