Los orígenes de Villaluenga del Rosario se remontan al Neolítico. Precisamente a este periodo pertenecen las Cuevas de la Manga.
El pueblo actual fue construido en el siglo VII u VIII d. de C. por los árabes. En 1485 el español Rodrigo Ponce de León conquistó la región y desplazó a los árabes.
En el siglo XVIII Villaluenga del Rosario recibió el título de “Noble Villa” así como su nombre actual en honor a la Virgen del Rosario. Más tarde, a principios del siglo XIX, una epidemia de cólera y la posterior destrucción del pueblo por parte los franceses supusieron el final de una época de prosperidad para Villaluenga.
No obstante, hoy en día Villaluenga ha resurgido de las cenizas y sus habitantes se dedican ahora a la agricultura, la ganadería y a la selvicultura. En los últimos años este pueblo ha adquirido fama mundial gracias al turismo.