Los orígenes de Villamartín se remontan a la época prehistórica, concretamente al Paleolítico. En la fértil llanura del Río Guadalete aún se conservan muchos lugares y objetos de este periodo.
Alrededor del año 200 a. de C. los romanos habitaron la región, por lo que se pueden encontrar muchos restos arqueológicos procedentes de aquella etapa. Por otro lado, las piezas de origen visigodo halladas en la zona demuestran la presencia de los visigodos prácticamente en la misma época en la que estuvieron los romanos.
En el siglo VIII los árabes dominaron Villamartín y las regiones de alrededor. En el siglo IX construyeron una fortaleza en los campos de Matrera próximos a Villamartín con el fin de defender el territorio musulmán al que pertenecía Villamartín.
En 1248 el monarca Fernando III recuperó Sevilla y la zona de Guadalete. Asimismo, en 1253 se llevó a cabo una campaña para derrocar a todos los cabecillas árabes que quedaban. Después de algún tiempo, se produjeron una serie de conflictos territoriales. Finalmente, en1503 la corte de Sevilla entregó la zona a los habitantes de las poblaciones colindantes de acuerdo a un decreto para repoblar Villamartín. Pero las desavenencias por motivos territoriales no acabaron ahí sino que continuaron hasta 1818 aproximadamente - la sucesión de disputas más larga de toda la historia española..
